Islam, dominująca religia w Azji Środkowej, został sprowadzony do tego regionu przez Arabów w VII wieku. Od tego czasu islam stał się integralną częścią kultury tadżyckiej. Tadżykistan jest krajem świeckim, ale w okresie postsowieckim nastąpił wyraźny wzrost praktyk religijnych w tym kraju. Większość muzułmanów w Tadżykistanie wyznaje sunnicką gałąź islamu, a mniejsza grupa należy do szyickiej gałęzi islamu. Rosyjska wiara prawosławna jest najszerzej praktykowaną spośród innych religii, chociaż społeczność rosyjska znacznie się skurczyła na początku lat 90. XX wieku. Niektóre inne małe grupy chrześcijańskie cieszą się teraz względną wolnością wyznania. Tadżykistan ma też niewielką społeczność żydowską.
Po czasach sowieckich rząd tadżycki zamknął setki niezarejestrowanych meczetów, zmuszając mieszkańców do przekonania, że represje są w rzeczywistości skierowane przeciwko religii islamu. Według doniesień niektóre meczety zostały zniszczone, a inne przekształcone w salony kosmetyczne. Niektórzy spekulują, że represje są wynikiem obaw rządowych, że meczety są „niebezpieczne” lub że imamowie mogą nie działać „odpowiedzialnie”.
W 2009 r. Zgromadzenie Reprezentantów próbowało uczynić z hanafickiej szkoły islamu sunnickiego oficjalną religię w Tadżykistanie, ale ten krok się nie powiódł. Tadżykistan zaznaczył również rok 2009 jako rok upamiętnienia sunnickiego muzułmańskiego prawnika Abu Hanify, ponieważ kraj był gospodarzem międzynarodowego sympozjum, które zgromadziło przywódców naukowych i religijnych. Budowę jednego z największych meczetów na świecie, sfinansowaną przez Katar, ogłoszono w październiku 2009 roku. Meczet ma powstać w Duszanbe, a budowa ma się zakończyć do 2014 roku[10]. W 2010 roku Tadżykistan był gospodarzem sesji Organizacji Konferencji Islamskiej, w której w Duszanbe zebrały się delegacje 56 państw członkowskich.
W kwietniu 2020 r. w ramach działań mających na celu zapobieżenie pandemii koronawirusa w Tadżykistanie, chociaż nie było potwierdzonych przypadków w Tadżykistanie, prezydent Rahmon wezwał muzułmanów w tym kraju do rezygnacji z postu w Ramadanie, mówiąc, że post sprawi, że ludzie będą bardziej podatni na choroby zakaźne.